1、是否是自然存在的。
非轉基因是自然界存在的，是自然選擇出來的個體。而轉基因作物通過生物技術，將某個（或幾個）基因從生物體中分離出來，之后植入另一種生物體內，從而培育出的具有新性狀的生物。
轉基因食物短期食用對人體沒有太大傷害，但如果長期食用可能會造成基因突變等不可預估的傷害與疾病。
2、產量
非轉基因的產量低，而轉基因食品的常量要高于非轉基因的產量。
3、成長周期
非轉基因的植物生長周期是不變的，必須要在一定的時間內才能成熟，而轉基因的植物縮短作物開發的時間；擺脫四季供應；打破物種界限加快成熟。
轉基因食品的危害：
1、改變環境
轉基因食品在種植、生長過程中，與非轉基因作物還是有很多區別的，對土壤和周邊的生態環境會造成一定的影響，且這種影響也不一定是正面的。
2、害蟲升級
轉基因食品本身就還有滅殺害蟲的基因，但是害蟲可以依靠淘汰、進化，對這種特征產生更高的抵御性，造成農藥也無法滅殺的可能。
3、減少非轉基因作物
轉基因作物便宜、好種、產量大，因此，許多農戶都樂于種植換基因作物，像傳統的非轉基因大豆產地東北，本地大豆逐年減少種植，取而代之的是轉基因大豆，這種情況很有可能造成非轉基因作物種子的停產和滅絕。
4、心理恐慌
即使轉基因食品不存在任何生理性的危害，但是正常人在選擇食品時，任然傾向于選擇非轉基因的，所以，長期食用轉基因食品，并且自己也知情的話，會造成一定的心理負擔，產生心理性疾病。